首頁  書記信箱  網站地圖  郵箱登陸  English  內網  中國科學院
 您現在的位置:首頁 > 新聞動態 > 科研動態
水生所研發出系統發育分析新平台PhyloSuite
作者: 李明、孙慧 | 2019-11-25 | 浏览量:

  近日,中國科學院水生生物研究所领衔开发的系统发育分析平台PhyloSuite的相關論文“PhyloSuite: an integrated and scalable desktop platform for streamlined molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies”在分子與演化生態學綜合期刊《Molecular Ecology Resources》發表。 

 

  1PhyloSuite界面與主要功能 

  系統發育分析是一項耗時、複雜的工作。爲了推導出更接近真實演化曆史的結果,研究者們通常需要進行多次分析以評估不同數據集、演化模型、建樹方法及軟件參數對建樹結果的影響。另外,不同軟件支持不同的輸入格式,而不同文件格式之間轉換繁瑣,有時還需要通過終端命令行甚至編程實現。因此,批量、多核運行、文件格式自動轉換以及流程化操作已成爲大多數系統發育學者的迫切需求。 

  爲解決上述問題,水生所王桂堂研究員團隊經過三年的努力,與福建農林大學高芳銮副研究員合作開發了一個操作簡單、界面直觀友好、無需編程基礎、自動化輸入輸出的系統發育分析平台—PhyloSuite該平台的主要特色包括:①支持WindowsLinuxMAC OSX三大操作系統跨平台運行;②靈活的序列提取功能,包括提取線粒體基因組、葉綠體基因組、核糖體rDNA基因(18S/28S)等,並且支持自定義提取;③整合了當下最流行、最常用的系統發育分析軟件(如MAFFTMACSEHmmCleanerPartitionFinder2IQ-TREEMrBayes等),並賦予它們批量、多核運行功能,大幅提高系統發育分析效率;④聯合上下遊分析軟件,自動整理輸入和輸出文件;⑤流程化系統發育分析,只需輸入文件並配置好參數,即可一鍵完成系統發育分析;⑥結合iTOL快速完成系統發育樹美化;⑦支持大尺度範圍內細胞器基因組的荟萃分析(meta-analysis);⑧NCBI氨基酸(Protein)和核苷酸(Nucleotide)數據庫檢索功能,方便獲取相關的基因數據。 

  PhyloSuite門檻低,並配有相關資料、教程,可使初學者快速入門系統發育分析。更重要的是PhyloSuite針對基于基因組、轉錄組以及細胞器基因組(線粒體基因組、葉綠體基因組等)等的多基因聯合分析,進行了一系列優化設計:①靈活的序列提取功能,可以快速從海量數據中挖掘到需要的信息;②新增多基因串聯功能,可與下遊分析完美結合。 

 

  2:利用PhyloSuite完成的系统发育分析圖例 

  該軟件一經發布,就受到廣泛好評,其GitHub網頁以及bioRvix預印版累計引用達35次。IQ-TREE的作者Bui Quang Minh也在推特(Twitter)上對PhyloSuite進行了評論和推薦:“PhyloSuite looks like a very useful and easy to use GUI for phylogenetic analysis with lots of options!. 

  目前,PhyloSuite已協助完成基于線粒體基因組的魚類寄生蟲系統發育研究近20次,一系列相關成果已在《Genome Biology and Evolution》、《BMC Genomics》、《BMC Evolutionary Biology》、《International Journal for Parasitology》、《International Journal of Biological Macromolecules》和《Parasites & Vectors》等主流雜志上發表。 

  本項工作主要由博士研究生張東等人完成,通訊作者爲王桂堂研究員和李文祥副研究員。該研究得到國家自然科學基金和國家大宗淡水魚産業技術體系專項資金的資助。 

  文章鏈接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1755-0998.13096  

  PhyloSuite主頁:https://dongzhang0725.github.io/ 

  PhyloSuite安裝:https://dongzhang0725.github.io/dongzhang0725.github.io/installation/ 

  PhyloSuite公衆號: 

 

相關新聞
相關下載
Copyright 2009 © 中國科學院水生生物研究所 All Rights Reserved
地址:武汉市武昌东湖南路7号 电话:027-68780839 聯系我們
鄂ICP备050003091号 鄂公网安备42010602002652号